Ciao Fabio,
se il problema del vCenter fisico è quello, te lo risolvo in due secondi:
AnywhereUSB - Network-Attached Hub - USB over IP - Digi International
con questi scatolotti trasmetti via rete le varie periferiche usb, e in questo modo la VM con attaccate le chiavi può anche usare vmotion e HA senza problemi.
Per il vCenter "doppio", se devono vedere le stesse VM escluderei quindi il linked mode, dato che unisci due vCenter ma ognuno gestisce due infrastrutture indipendenti. vorrei capire meglio la questione del backup: se usi un backup che utilizza le librerie VADP, vCenter gestisce e coordina le attività di snapshot delle varie VM, ma poi l'attività pratica viene fatta dai vari ESXi servers. Almeno così lo fa ad esempio Veeam, ma non so che software utilizziate voi. Se siete un cliente "full EMC" mi viene qualche dubbio, ma non mi sbilancio 
Luca.